유전체 데이터 분석 1 기초편 (실습용 USB 포함 | 3 판)

김주한외지음

서문2

PART01
생명의정보학BIOINFORMATICSOFLIFE
CHAPTER01｜생명의정보학11
CHAPTER02｜바이오빅데이터와개인유전체시대의개막28
CHAPTER03｜질병유전체와개인유전체데이터의해석46
CHAPTER04｜약물유전체학60
CHAPTER05｜유전체분석신기술75
CHAPTER06｜바이오뱅크89

PART02
생명의정보네트워크NETWORKBIOLOGYANDNETWORKMEDICINE
CHAPTER07｜모티프,온톨로지,패스웨이,네트워크분석109
CHAPTER08｜인공지능신약개발125
CHAPTER09｜염기서열모티프와유전자발현조절분석138
CHAPTER10｜유전자온톨로지와생물학적패스웨이분석174
CHAPTER11｜생물학적네트워크분석200

PART03
RNA기능유전체학TRANSCRIPTOMICSANDFUNCTIONALGENOMICS
CHAPTER12｜마이크로어레이데이터와유전체발현분석의이해219
CHAPTER13｜마이크로RNA데이터분석의이해238
CHAPTER14｜non-codingRNA데이터분석의이해249
CHAPTER15｜유전체발현데이터분석실습270
CHAPTER16｜유전자온톨로지와생물학적패스웨이지식의활용299
CHAPTER17｜유전자집합분석과예후아군의예측320
CHAPTER18｜마이크로RNA발현분석344

PART04
DNA유전체변이형과표현형분석SNPS,GWASANDCNVS,INFORMATICSFORGENOMICVARIANTS
CHAPTER19｜인간유전체다형성의이해363
CHAPTER20｜유전체다형성,GWAS와PRS분석378
CHAPTER21｜희귀질환유전체데이터분석393
CHAPTER22｜농업,육종,그리고데이터406
CHAPTER23｜SNP과약물유전체데이터베이스활용416
CHAPTER24｜전장유전체연관분석실습431
CHAPTER25｜복제수변이데이터분석449

PART05
메타유전체및후성유전체데이터분석METAGENOMEANDEPIGENOME,BASICDATAANALYSIS
CHAPTER26｜후성유전체학467
CHAPTER27｜마이크로바이옴과메타유전체478
CHAPTER28｜마이크로바이옴데이터분석491
CHAPTER29｜후성유전체데이터베이스및분석도구518
CHAPTER30｜후성유전체데이터분석534

부록553
AR을이용한기초데이터분석연습555
BVirtualbox설치588

글을마치며600

미래는이미우리곁에있다.
아직널리그리고고르게전파되지않았을뿐이다.”
-윌리엄깁슨-

바야흐로다시데이터의시대다.정보통신기술의발전으로사회각분야에서빅데이터가생성되기를멈추지않는다.새로운시대에는놀랍게도가설과실험설계보다데이터가먼저우리를찾아온다.가설검증과실험생물학의패러다임을넘어서는바이오정보학적연구로의패러다임적전환이필요하다.이제데이터는‘그저생성되게마련’이다.사람의눈보다많은카메라와사람의귀보다많은마이크가스마트폰에상주한다.수많은바이오센서가쉬지않고데이터를획득한다.도처에서생성되는방대한데이터의처리에필수적인바이오정보학이생명과학탐구의새로운병목이되었다.병목을지배하는자가세상을통제한다.이제바이오정보학은생명과학데이터의‘생로병사’를관장하는이가장중요한방법론이되었다.

과학탐구에서데이터중심적패러다임은전혀새로운것이아니다.입자물리학,천문학,지구과학을포함한대부분의물리과학은말할것도없고,거의대부분의공학분야와다양한산업분야에서데이터과학적패러다임의발전은세기적현상이다.이제스마트폰으로개개인의바이오데이터가끊임없이생성되는지금현대생명과학의진화의방향은점점더뚜렷해지고있다.

본실습서는바이오데이터의단순활용목적을넘어바이오데이터그자체와그‘생로병사’의생명주기를탐구대상으로삼는‘데이터과학’적관점을취한다.이책은바이오정보학의필요성을느끼지만접근에는어려움을느낀생명과학자,의학자,통계학자,전산학자,공학자그리고바이오정보학분야의새내기입문자를위한책이다.하지만그간의발전으로전문가조차생소한신생분야들이많아져서,전문가에게도이책이간단한안내서역할은할수있을것이다.

실습코드및데이터는USB메모리에담겨책자와함께제공되며,유튜브채널을통한동영상실습강좌도함께제공된다(https://www.youtube.com/@gda5844/playlists)