생명과학을 위한 딥러닝 (생물학, 유전체학, 신약 개발에 적용하는 실무 딥러닝)

바라스람순다르,피터이스트먼,패트릭월터스,비제이판데

생물학적빅데이터를구축하는블록체인(blockchain)회사인데이터마인드(Datamined)의공동창립자이자최고기술책임자(CTO)다.또한신약개발에딥러닝을적용하는DeepChem1라이브러리의수석개발자이자MoleculeNet의공동개발자다.
UC버클리에서EECS와수학분야학사학위를받았으며,최근스탠퍼드대학교에서컴퓨터과학으로박사학위를받았다.또한과학분야최우수대학원생을지원하는허츠펠로우십(HertzFellowship)에선정돼비제이판데(VijayPande)교수에게연구지도를받았다.

지은이소개
옮긴이소개
옮긴이의말
들어가며

1장.왜생명과학인가?
__딥러닝은왜필요한가?
__현대생명과학은빅데이터를다룬다
__무엇을배우는가?

2장.딥러닝소개
__선형모델
__다층퍼셉트론
__모델학습하기
__검증하기
__정규화
__하이퍼파라미터최적화
__다른유형의모델들
____합성곱신경망
____순환신경망
__더읽을거리

3장.DeepChem을이용한머신러닝
__DeepChem의기본데이터셋
__독성분자예측모델만들기
__MNIST데이터셋으로필기인식모델만들기
____MNIST필기인식데이터셋
____합성곱신경망으로필기인식하기
__소프트맥스와소프트맥스교차엔트로피
__결론

4장.분자수준데이터다루기
__분자란무엇인가?
____분자간결합
____분자그래프
____분자구조
____분자카이랄성
__분자데이터피처화
____SMILES문자열과RDKit
____확장연결지문
____분자표현자
__그래프합성곱
__용해도예측모델
__MoleculeNet
__SMARTS문자열
__결론

5장.생물물리학과머신러닝
__단백질의구조
____단백질서열
__단백질3차원구조를예측할수있을까?
____단백질-리간드결합
__생물물리학적피처화
____그리드피처화
____원자피처화
__생물물리학데이터사례연구
____PDBBind데이터셋
____PDBBind데이터셋피처화
__결론


6장.유전학과딥러닝
__DNA,RNA,단백질
__실제세포내에서일어나는일
__전사인자의결합
____전사인자의결합을예측하는합성곱모델
__염색질접근성
__RNA간섭
__결론

7장.현미경을위한딥러닝
__현미경에대한간략한소개
____현대의광학현미경
__회절한계
____전자현미경과원자현미경
____초고해상도현미경
____딥러닝과회절한계
__현미경을위한시료준비
____시료염색하기
____시료고정
____시료절편가공
____형광현미경
____시료준비과정의영향
__딥러닝활용법
____세포수측정
__세포주란무엇인가?
____세포구별하기
____머신러닝과과학실험
__결론

8장.의료체계를위한딥러닝
__컴퓨터지원질병진단
__베이즈네트워크를이용한불확실성예측
__전자건강기록
__ICD-10코드
__비지도학습이란무엇인가?
____거대전자건강기록데이터베이스의위험성
__방사선학을위한딥러닝
____X선촬영과CT촬영
____조직학
____MRI촬영
__치료법으로서의머신러닝
__당뇨망막병증
__결론
____윤리적으로고려할점
____일자리문제
____요약

9장.생성모델
__VAE
__GAN
__생명과학에생성모델응용하기
____신약후보물질찾기
____단백질엔지니어링
____과학적발견을위한도구
____생성모델의미래
__생성모델사용하기
____생성모델의결괏값분석하기
__결론

10장.딥러닝모델의해석
__예측값설명하기
__입력값최적화하기
__불확실성예측하기
__해석가능성,설명가능성,실제결과
__결론

11장.가상선별검사
__예측모델을위한데이터셋준비
__머신러닝모델학습하기
__예측을위한데이터셋준비하기
__예측모델적용하기
__결론

12장.딥러닝의미래와전망
__질병진단
__맞춤의학
__신약개발
__생물학연구
__결론

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